Bacillus spp. 'ler tarafından sentezlenen peptid antibiyotikler hücre duvarında zedelenmelere yol açarak bakterilerin ölmesine neden olurlar. Bu grupta başlıca polymyxin, gramicidin, tyrocidin yanısıra polyene antibiyotiklerden olan nystatin ve amphothericin B'de bulunmaktadır. Bu son iki antibiyotik antifungal özelliğe sahiptir.

Polymyxin: B. polymyxa tarafından sentezlenen bu antibiyotik katyonik deterjan olarak görev yaparak hücre membranında zedelenmeler oluşturur ve fonksiyonunu bozar. Polymyxin B ve polymyxin E (colistin) klinikte topikal olarak kullanılır. İlaç, Gram negatiflere daha fazla etkilidir. Buna karşın, Gramicidin ve tyrocidin'ler Gram pozitifler için kullanılır. Bu ilaçlar bakterisidal etkinliktedir.

Nystatin ve amphotericin B: Polyene antibiyotiklerden olan bu ilaçlar antifungal etkinliğe sahiptirler.