Kimyasal maddelerden bir kısmı, mikroorganizmalardaki enzimlere ve bunların katalitik etkiye sahip olan bölgelerine veya substanlarla birleşen fonksiyonel gruplarına (--SH, amid, imidazol, indol, v.s.) karşı affiniteleri vardır ve bunlarla özel bağlantılar kurarlar. Böyle durumlarda enzimin kimyasal yapısı, biyokimyasal karakteri ve aktivitesi çok fazla değişikliğe uğrar ve inaktive olarak çalışamaz duruma gelir. Örn. siyanidler, sitokrom oksidase'ye; fluoridler, glikolize; üç değerli arsenik bileşikleri karboksilik asit siklusuna ve dinitrofenol oksidatif fosforilasyon'a mani olurlar. Formaldehid, anyonik deterjanlar ve asit boyalar enzimin amino ve imidazol gruplarıyla, katiyonik deterjanlar, bazik boyalar, enzimlerin asitik grupları ile, sublime de sulfidril grubu ile özel bağlar kurarak enzimlerin aktivitesini bozarlar.

Enzim aktivitesine mani olan maddeler arasında ağır metaller, tuzlar, oksidan ve alkilleyen ajanlar vardır.

1- Ağır metaller: Cıva, gümüş, bakır ve arsenik (As) yalnız veya bileşikleri halinde bulundukları zaman mikrobisidal ve mikrobistatik etkiye sahiptirler. Cıva ile gümüş bu bakımdan başta gelir. Ağır metallerin antimikrobial etkisi, enzimin sülfidril (--SH) grubu ile birleşmesi nedeniyledir.

2 Protein +SH + Hg²+ —› Protein-S-Hg-S-protein + 2H+

Metallerin bu etkisi ortama yüksek oranda sülfidril katılmakla giderilebilir. Burada metaller, sonradan ilâve edilen sülfidrillerle birleşir ve enzimin aynı grubu serbest kalır. Sublime (HgCl₂): Enzimlerin sülfidril gruplarına karşı özel bir ilgisi olan cıva, toksik ve madeni malzemeyi tahrip edici bir özelliğe sahiptir. Ellerin dezenfeksiyonunda %0.1 eriyiği kullanılır. Organik cıva bileşikleri (merthiolete, mercurochrom, mercarbolide, merphanylnitrate, mertoxol, merolxyl, metaphen, mercresin), daha az toksik ve daha az irritandır. Bu nedenle de deri ve mukozalarda antiseptik olarak kullanılırlar. Merthiolete, serum ve aşılara 10^-4 oranında prezervatif olarak katılır. Kullanıldığı yerlerde bulunan organik maddeler, cıva bileşiklerinin etkisini azaltır. Cıva iyonları, enzimlerdeki sülfidril (---SH) grupları ile birleşerek -S-Hg-S - bağları kurar ve enzimleri inaktive duruma getirir. Eğer ortama -SH radikalleri ihtiva eden thioglycollic asit katılırsa, cıvanın etkisine mani olur. Gümüş (Ag): Lokal antiseptik olarak %1 oranında gonokok ve göz hastalıklarında, ve organik bileşikleri de (argyrol, argonin, protargol) burun, boğaz ve göz dezenfeksiyonlarında yararlanılır. Gümüş preparatları, daha ziyade eriyebilir gümüş tuzları ve kolloidal gümüş halinde antiseptik olarak kullanılırlar. İnorganik gümüş bakterisidal olmasına karşın toksik ve irritandır. Bakır sulfat (CuSO₄): Algisid ve fungisid etkiye sahiptir. Balık hastalıklarında, havuzların dezenfeksiyonunda ve balıkların banyolarında kullanılır.

2- Tuzlar ve iyonlar: Katyonların bakteriler üzerine tesiri hem olumlu ve hem de olumsuz yönde görülebilir. Düşük konsantrasyondaki katiyonlar üremeyi stimule etmesine karşın yüksek konsantrasyonlar inhibitör veya öldürücü etkiye sahiptirler (NaCl, gibi). Ağır metallerin (Ag, Hg, Cu, v.s.) toksisitesi, bunların ortama bıraktıkları serbest metal iyonları ile ilişkilidir. Katyonların toksisitesi bunların valansları ile bağlantılıdır. Bu sıraya göre katyonlar, K, Na, NH₄, Li, Sr, Mg, Ba, Sa, Mn T1³⁺, Sn, Ni, Ti⁺, Zn, Cu, Fe²⁺, Fe³⁺, Co, Pb, Al, Ce, Cd, Ag, Hg şeklinde sıralanırlar.

Anyonlar da aynı katyonlar gibi, az oranları üremeyi hızlandırır (Cl, I, NO₃, SO₄, PO₄). Ancak oksalat, asetat, ve sitrat iyonlarının baskılayıcı etkisi vardır.

Tuzların, katyon ve anyonlar gibi, az yoğun eriyikleri üreme üzerine olumlu yönde, yoğun eriyikler ise inhibitör veya öldürücüdürler. Monavalan tuzların etkisi, ortama, bivalan tuzların katılmasıyla giderilebilir (veya tersi). Bivalan katyonlar, genellikle, monovalanlardan daha toksiktirler. Aynı şekilde, ağır katyonlar da, hafiflerinden daha tesirlidirler. Örn. HgCl₂, MgCl₂' den daha fazla toksiktir.

3- Oksidan maddeler: Oksijenli su (H₂O₂, hidrojen peroksit): Hafif antiseptik etkiye sahip olan oksjienli su, %3 oranında yara ve derinin dezenfeksiyonunda kullanılır. Dokularda kolayca ayrışır (H₂O + O₂). Bunun yerine (ZnO₂, Çinkoperoksid) ve urehidrojen peroksid (CO + (NH₂)₂ H₂O₂) kullanılır. Potasyumpermanganat (KmnO₄): Kristal halinde ve menekşe renginde bir kimyasal madde olup %0.1-0.2 oranında yara ve havuz, formolle kombine edilerek de oda, barınak kuluçka makineleri, vs. dezenfeksiyonunda kullanılır. Dezenfekte edilecek yerde bulunan organik maddeler, erimeyen manganez dioksidin teşekkülüne neden olurlar ve KmnO₄'ü inaktive ederler. Ozon (O₃), suların dezenfeksiyonunda ve perasetik asit (CH₃.CO.O.OH), kuvvetli oksidan bir madde olup, gaz halinde odaların dezenfeksiyonunda yararlanılırlar.

Oksidan maddelerin bir kısmı oksijen vererek ve bir kısmı da maddeden oksijen çıkararak etkilerler.

Halogenler: Klor (Cl₂): Klorun sudaki eriyikleri suların ve havuzların dezenfeksiyonunda kullanılır. Klorun su ile birleşmiş şekli kuvvetli oksidan etkiye sahiptir.

Klor bileşikleri, sularda serbest klor çıkararak etkilerler. Klorun gaz veya bileşiklerinin kullanma alanı çok geniştir. Şehir sularının dezenfeksiyonda 1 ppm (10-6) oranında klor kullanılır. Ortamda bulunan organik maddeler klorun etkisini azaltır.

Kloridler: Sodyum hipoklorid (NaOCl) ve kalsiyum hipoklorid (Ca(OCl)₂), klor ihtiva etmesi nedeniyle havuzların, suların ve süthanelerin dezenfeksiyonunda kullanılır. Kalsiyum hipoklorid, %5-7 oranında süt endüstrisinde, NaOCl'da %1 oranında evlerde ve %5-12 oranında süt ve gıda endüstrisinde dezenfeksiyon amacı ile kullanılırlar. Hipokloridlerin etkili maddesi, suda eriyince oluşturdukları, hipokloroz asittir (HClO).

Kloraminler: Kloraminler, klorlu dezenfektanlar olup hipokloridlerden daha az dayanıklıdırlar. Gerek organik ve gerekse inorganik kloramin bileşikleri (monokloramin, dikloramin, azokloramin, vs.) suda eridikleri zaman aynı şekilde hipokloroz asit meydana getirirler.

Bu da, ayrışarak oksijen oluştrur (HCIO —›HCl + O). Diğer taraftan da klor meydana getirerek etkiler (HClO + HCl —› H₂O + C₂). Kloraminler gıda ve süt endüstrisinde, ev ve lokantaların dezenfeksiyonun da kullanılırlar. Bir kloramin bileşiği olan antiformin (10g NaOCl + 7.5 g. NaOH + 10 cc distile su) dışkı ve kraşe dezenfeksiyonunda işe yarar. Brom (Br), aynı şekilde etkiler ve yüzme havuzlarının dezenfeksiyonunda kullanılır. İyot (I), suların dezenfeksiyonunda yararlanılan önemli halogenlerden biridir. Oda ısısı derecesinde, 5-10 ppm. miktarı 10 dakika içinde mikropları öldürebilir bir yetenektedir. İyot, ortamın ısısı, pH ve nitrogenli maddelerden etkilenmez. İyot, tentür diode halinde yaraların dezenfeksiyonunda kullanılır. Taşıyıcı bir maddeye (PVC, polyvinyl pyrolidone) bağlanarak suda eriyebilir hale getirilen iyot bileşiklerinden iodofor suda eriyince yavaş yavaş iyot salarak germisidal etki yapar. İodofor bileşiklerinden, wascodyne, laclidle, detadine, vardır.

Kireç bileşikleri: Dezenfeksiyon amacı ile sönmemiş kireç (Ca (OH)₂), kireç kaymağı (klor gazı geçirilmiş sönmüş kireç), kireç sütü (bir kısım kireç + üç kısım su) v.s. bileşikler suların, barınakların v.s. yerlerin dezenfeksiyonunda kullanırlar.

4- Alkilen maddeler: Formaldehid (CH₂O): Gaz halinde ve irritan bir maddedir. Paraaldehid halinde polimerize olur. Sıvı şeklindeki formaldehid formol (formalin) %37-40 oranında formaldehid ihtiva eder. Formaldehid, proteinlerin karboksil, hidroksil, veya SH gibi fonksiyonel gruplarını alkile eder. Bu grupların alkile olması ile proteinler inaktive olurlar. Alkilasyon, hidrojen atomları yerine hidroksimetil grubunun girmesiyle meydana gelir. Formaldehid bakteriler ve sporlar üzerine etkilidir. Formol, odaların, kuluçka makinelerinin, alet ve malzemenin dezekfeksiyonunda kullanılır. Ayrıca, aşıların ve toksinlerin inaktivasyonunda %0.1-0.2 eriyiklerinden yararlanılır. Etilen oksit (CH₂O.CH₂): Suda fazla eriyebilen etilen oksit, 10.8°C'nin altında sıvı ve bu derecenin üstünde de gazdır. Etkisi bakımından formaldehide benzer. Yanıcı olması nedeniyle %90 CO₂ veya fluorokarbonla kombine edilerek kullanılır. Mikrobisid etkisi yanı sıra, DNA ve RNA'da bozukluklar yaparak mutagenik olarak tesir eder. Betapropiolakton (C₂H₄O₂): Mikrobisid, iritan ve alkilan özellikte bir maddedir. Bakteri ve virusların inaktivasyonunda 1-5 ppm. oranında kullanılır. Odaların dezenfeksiyonu için 25 °C' de ve %70-80 relatif rutubette, 2-4 ppm. miktarı 2-3 saat süre için yeterlidir.