Bazı kimyasal maddeler, mikropların protein karakterinde olan yapısını koagule veya denatüre ederler. Protein özelliğinde olan enzimler, bu tarzdaki kimyasal ajanlardan çok etkilenirler. Enzimlerin denatüre olması bakterinin ölümüne neden olur. Böyle etkileyen kimyasal maddeler arasında asitler ve alkali'ler başta gelirler.

Asitlerin etkisi, ortamdaki serbest hidrojen (H+) iyonlarına ve alkalilerin tesiri de serbest hidroksil (OH-) iyonlarına bağlıdır. Bu durum, bu maddelerin iyonizasyon kabiliyetleri ile ilişkilidir. Fazla iyonize olabilen mineral asitler (HCl, H₂SO₄, HNO₃, H₃PO₄), az iyonize olan organik asitlerden (laktik asit, asetik asit, propionik asit, butirik asit, v.s.) daha etkilidirler. Fermantasyon asit'lerinin bazıları gıdaların ve silajların muhafazasında kullanılırlar. Bunlar, hafif bakterisidal veya bakteriostatikdirler. Kuvvetli asitler, tahriş edici olduklarından kullanılamazlar. Asit borik (H₃BO₃), %1-3 oranında göz antiseptiği olarak kullanılır. Propionik asitin (CH₃-CH₂-COOH) mantarların üremesine mani olucu etkisi vardır.

Alkalilerin etkisi de bunların dissosiasyon durumu ile orantılıdır. Fazla iyonize olabilen alkaliler (NaOH, KOH vs), zayıf alkalilerden (NH2OH, Ca(OH)₂, Na₃PO₄, v.s.) daha etkilidirler. Bu izaha ters düşen Ba(OH)₂, zayıf bir baz olmasına karşın, Bu iyonların toksik etkisi nedeniyle, mikroplar üzerine bakterisidal tesir yapar. Kuvvetli alkaliler, genellikle, bakterisid, virusid ve sporisid etkiye sahip olduğundan uygun dilusyonları dezenfeksiyon amacı ile kullanılabilir. Zayıf alkalilerden süthanelerin ve süt kaplarının dezenfeksiyonunda yararlanılır.

Asit ve alkalilerin yukarda bildirilen etkileri yanı sıra, polipeptid zincirindeki aminoasit sıralarını ve zincirin karakteristik yapısını bozabilirler. Bazıları da DNA'da kopmalar meydana getirirler.