Boyalar: Boyalar, mikroorganizmaların DNA'sı ile birleşikler oluşturarak bunun aktivitesine, replikasyonuna ve protein sentezine mani olurlar. Bazik boyalar, asit veya nötr boyalardan daha etkili olup, mikroplardaki nukleik asit yapısında bulunan fosforik asit grubu ile reaksiyon verirler. Bunun sonucu olarak ta DNA'nın replikasyonu ve protein sentezleri durur ve bakteriler ölürler. Boyaların mikrobisid ve fungisid etkileri yanı sıra, mutagenik bir özellik de taşırlar.

Mikrobiyoloji laboratuvarında, mikropları boyamada, selektif besi yeri hazırlamasında, mikropların direncini tayinde ve tip ayrımında çeşitli karakterdeki (asit ve baz) boyalardan yararlanılır. En çok kullanılan boyalar arasında, jansiana moru, metilen mavisi, fuchsin, brillant yeşili, malaşit yeşili v.s vardır. Gram pozitif mikroplar, boyalara, Gram negatiflerden daha duyarlıdırlar. Malaşit yeşili balık havuzlarında 1 ppm oranında dezenfektan olarak, metilen mavisi ve kristal violet te algisid ve fungisid olarak kullanılırlar. Mikroorganizmalar, boyaların çeşitli konsantrasyonlarında inhibe olurlar. Örn. S. aureus, malaşit yeşilinin 1/1.000.000, E. coli ise 1/30.000 yoğunluğunda üremezler. Selektif besi yerlerine kristal violet, metilen mavisi, brillant yeşili 1/100.000 oranında katılır. Burada, Gram pozitifler üremezler. Brusella etkenlerinin tip tayininde, fuchsin ve thionin'den yararlanılır. Akridin boyaları (akriflavin, tripaflavin, v.s.) da bakterisid ve bakteriostatik etkileri yanı sıra mutagenik tesire de sahiptirler. Akridin boyaları, bakteri ve memeli hücrelerinde nukleik asit sentezini bozarlar.