Hastalık ajanlarının kontrolü, bunların çoğalmalarının ve yayılmalarının sınırlandırılması ve durdurulması ile daha ziyade öldürülmelerini sağlamak amacıyla uygulanacak yöntemleri kapsamaktadır. Böylece, infeksiyöz ajanları etrafa yayılmadan, başka kişilere bulaşmadan ve infeksiyon yaygınlaşmadan kontrol altına alınabilir ve gerekli koruyucu ve sağaltıcı önlemler için de zaman kazanılmış olur.

Patojenik etkenlerin üremelerinin durdurulması (stazis: bakteriostazis, virustazis, fungistazis) ve öldürülmeleri (sidal: bakterisid, virusid, fungisid, sporosid) işlemleri birlikte uygulandıkları takdirde etkili bir mücadele olabilir ve amaca ulaşılabilir. Özellikle, mikroorganizmaların öldürülmesi, üremelerinin durdurulmasından daha önemlidir ve hastalıkların kontrolü, bu son işlem üzerinde yoğunlaştırılmalıdır. Bazı durumlarda da, tüm canlıların (mikroorganizmalar parazitler de dahil) öldürülmesi amaçlanabilir (sterilizasyon). Ancak, pratikte, etrafa bulaşan, çeşitli yerlerde bulunan, ve yerleşerek üreyen mikroorganizmaların yok edilmesinde de, sadece spesifik etkene yönelik veya bazen de genel amaçlı olarak (suların, süthanelerin, vs. temizlenmesinde) etkili bir dezenfektan kullanarak iyi bir dezenfeksiyon uygulanabilir.

Hastalık ajanlarını kontrol altına almada başlıca, 2 prensip göz önünde tutulmaktadır.

1) Kimyasal maddelerin kullanılması
2) Fiziksel yöntemlerin kullanılması