Bakterilerin isimlendirilmesi ve bunun belli bir düzen ve kurala bağlanması, pratik yönden büyük yararlar sağlamaktadır. Aksi hallerde, her araştırıcı bulduğu mikroorganizmaya kendine göre bir isim verecek ve böylece aynı mikroorganizmanın bir çok değişik adları olacaktır. Bu durum, bakterilerin tanımlanmalarında büyük karışıklıklara yol açacaktır. Buna bir çare bulmak için, 1930' da konu üzerinde bir karar almak için, uluslararası bir kongre toplanarak bazı kural ve düzenlemeler yapmıştır. Ancak, belirlenen hususlar, o tarihten sonra pek dikkate alınmadı ve bu duruma son vermek için, 1947'de 4. "International" bir toplantı yapılarak "International Code of Nomenculature of Bacteria and Viruses" adı altında bir kitabın yayımlanması karar altına alınmış ve böyle bir kitap da 1948'de basılarak mikrobiologların hizmetine sunulmuştur. Buna göre, zoolojik, botanik ve bakteriyolojik kodlar belli bir prensip dahilinde yazılacaktır. Bu prensip, Carl von Linne tarafından bildirilen kurallara uygunluk götermektedir. Buna göre, bakterilerin bilimsel adları iki kelimeden oluşmaktadır. İlk kelime cins'i (genus) göstermekte ve büyük harfle başlamakta ve genellikle Latince'den orijin almaktadır. Ancak, bu cins ismi, mikroorganizmayı bulanın adını veya morfolojik, fizyolojik veya diğer karakterlerini gösteren bir kelimeden de oluşabilmektedir. İkinci isim ise, tür (species) adı olup küçük harfle yazılır. Bu son isim, mikroorganizmanın çeşitli karakterlerini yansıtmaktadır (koloni rengi, yerleştiği yer, oluşturduğu hastalık, biçim, vs.). Bu cins ve tür adlarının Latin orijinli olması yanı sıra, Yunanca'dan da yararlanılmaktadır. Her iki isim de italik olarak basılır. Öreğin Bacillus anthracis, Bacillus cereus, Bacillus subtilis, Staphylococus aureus, Proteus vulgaris, Salmonella typhi vs. gibi

Cins isim, ilk veya birkaç harfi yazılarak kısaltılabilir. Örneğin, B. anthracis, B. cereus, S. typhi, Staph. aureus (veya S. aureus), Str. equi (S. equi), Str. pyogenes (S. pyogenes), Pr. vulgaris (P. vulgaris), Br. melitensis (B. melitensis) gibi. Ancak, son yıllarda cins isim olarak sadece tek harf kullanma eğilimi yaygın bir duruma gelmiştir.

Cins isim, bazen, o mikroorganizmayı bulan kişinin adını taşıyabilir. Örneğin Escherichiacoli, Salmonella abortus ovis, Brucella melitensis, Pasteurellamultocida, Neisseriameningitidis, vs. gibi.

Tür ismi, orijinini, genellikle, mikroorganizmanın çeşitli özelliklerinden alırlar. Örn, coli, orijinini colon (barsak) kelimesinden almaktadır, Benzer şekilde aureus, altın sarısı, aerogenes, gaz oluşturan, albus beyaz, pyogenes irin oluşturan, abortus yavru atan gibi.

Bazen de tür ismine ikinci ve daha belirleyici bir ilave daha eklenebilir. Örn, Streptococusfaecalis var. liquefaciens (enterik streptokokların jelatin eriten türü) Campylobacterfetus var. jejuni, gibi.

Mikroorganizmaları sınıflandırmada bazı sıra kurallarına uyulur. Bunlar da aşağıda gösterilmiştir (Bergey's Manual Systematic Bacteriology, 1. Ed. 1984'e göre).

Haekel, tek hücreli organizmaları, gerçek hayvanlardan ve bitkilerden ayırmak için, bunları üçüncü bir grup olan protista adı altında toplamıştır. Steiner ve ark. 1957'de, protistayı da iki bölüme ayırmıştır. Biri yüksek protistalar (yeşil algler, protozoalar, mantar, mukoid mantarlar, chlorofit, euglonofit, pyrrofit) ve diğeri de basit protistalar (bakteriler ve mavi-yeşil algler).