Aslında bu iki kelime (prokaryotik ve ökaryotik) daha ziyade nukleuslara göre yapılmış bir tanımlamadır. Prokaryotikler ilkel nukleusa sahip olanlar ve ökaryotikler ise gerçek nukleus'lu olanları ifade eder. Ancak, bu temel görüşlere, daha birçok karakterler de katılarak kapsamları genişletilmiştir. Tarihsel gelişmede de, ilk önce prokaryotiklerin ve sonra da diğer aşamalarda ökaryotiklerin meydana geldiği kabul edilmektedir.

Bu tanımlamalar ilk yapıldığı sıralarda bakteriler prokaryotiklere dahil edilmiş, buna karşın mantar, maya, alg, protozoa, bitki ve hayvanlar ise ökaryotikler içinde konulmuştur. Viruslar ise bu iki grubun dışında tutulmuştur.

Prokaryotikler ile ökaryotikler arasında temel farklar aşağıda tabloda gösterilmiştir.

Bergey's Manual, 1984-1986 yılları arasında 4 cilt halinde ve "Bergey's Manual of Systematic Bacteriology" adı altında, yeni bir görüş ile dizayn edilerek yayımlanmış ve bu kitaplarda organizmalar 4 divizyona ayrılmışlardır.

Divizyon-1 : Gracilicutes
Divizyon-2 : Firmicutes
Divizyon-3 : Tenericutes
Divizyon-4 : Mendosicutes

Bu divizyonlar da 4 cilt içinde toplanmaktadır.

Cilt 1: Bu cilt, 11 seksiyondan (1-11) oluşmakta ve Gram negatif mikroorganizmalara ayrılmıştır.
Cilt 2: Bu cilt 6 seksiyondan (12-17) oluşmakta ve Gram pozitif mikroorganizmalara yer verilmektedir.
Cilt 3: Bu ciltte 8 seksiyon (18-25) bulunmakta ve değişik karakterdeki mikroorganizmaları (fototrofik, fotosentetik, kemolitotrofik, monfoto sentetik, tomurcuklananlar, kılıflı, kayan ve arkeobakterileri) içermektedir.
Cilt 4: Bu cilt de 8 seksiyondan (26-33) meydana gelmekte ve mantarlara yer verilmektedir.

1994 yılında 9. baskısı yapılan "Bergey's Manual of Determinative Bacteriology" kitabında bakteriler 35 grup içinde incelenmektedir.