1) Mikropların vücuda girmesi:  Mikroorganizmaların hastalık yapabilmesindeki ilk basamak, vücuda girmekle başlar.  Bunun için bazı giriş kapılarına (porantre) ihtiyaç vardır. Vücutta bulunan en önemli giriş kapıları ağız,  yutak ve sindirim sistemi,  burun,  larinks ve trachea ve akciğerler, genital organlar, göz konjunktivası ve deridir.

Salmonella, shigella, vibriolar, brusella ve tüberküloz etkenleri sindirim sisteminden girerek; Corynebacterium diphtheriae insanlarda boğazda yerleşerek toksin meydana getirir ve bu zehir vücuda yayılarak hastalık yapar. Hayvanlarda septisemik hemorajik karakterde seyreden pastörellozisin etkeni ekseriya yutak ve larinkste yerleşmiştir. Bünyede bir zayıflamanın olduğu hallerde hastalık meydana getirirler. Tüberküloz ve anthraks etkenleri solunum yolu ile bulaştıkları gibi deriden de geçebilir. Deriden, ayrıca,  leptospira,  brusella, anaeroblar, anthraks mikroorganizmaları da girebilirler. Çiftleşme ile,  genital yolla,  sifilis,  N.  gonorrhoea,  brusella ve C.  fetus bulaşabilir.  Göz yolu ile leptospiralar,  listerialar ve diğer mikroorganizmalar girerek hastalık yapabilirler.

Yukarıda yapılan ayrım kesin bir durum göstermez. Yani bir mikrop birçok yollardan vücuda girerek hastalık yapabilir.  Örn, brusella sindirim,  deri ve çiftleşme ile; tüberküloz, deri,  sindirim ve solunum; antraks basilleri deri, sindirim ve solunum yolu ile bulaşabilir.  Çeşitli yollardan infeksiyon meydana getirebilen mikroorganizmaların yaptığı hastalığın klinik tablosu girdiği yere göre değişebilir. Örn,  B. anthracis sporları solunum yolu ile alınmışsa, akciğer antraksı,  deriden alınmışsa girdiği yerde püstül ve ödem (kasap çıbanı),  tüberküloz mikrobu deriden girerse deri tüberkülozu, barsaktan girerse barsak ve solunum yolu ile alınırsa akciğer tüberkülozunu meydana getirir.

C. tetani,  deride bulunan derin ve kirli yaralarda yerleşerek ürer ve toksin meydana getirir.  Bu toksin kana karışarak hastalık yapar.  Botulismde ise,  toksin ihtiva eden gıdaların alınması sonu barsak yolu ile zehirlenme olur.

Mantarların çoğu da, deri, solunum ve sindirim sisteminden girerek mikozeslere neden olurlar.

Mikroorganizmaların hastalık yapabilmeleri için, bunların uygun yolla girmeleri de gereklidir.  Örn, S.  typhi sindirim yolu ile alınırsa vücudu istila edebilir ve hastalık meydana getirebilir.  Deriden girerse çok nadiren vücuda yayılabilir.  Buna karşın grup A hemolitik streptokoklar deriden girerek yayılma kabiliyetine sahiptirler: F. tularensis, derideki yaralardan girerse lenf yumrularında lokalize olur. Kana geçip istila edemez. Bu durumda ölüm oranı %5 kadardır.  Halbuki, aynı etken sokucu sinek veya keneler aracılığı ile dokulara kadar iletilirse septisemi meydana getirir ve %95 ölüme sebep olabilir.  Aynı şekilde, tetanoz toksinleri sindirim sisteminden girerse hastalandıramaz. Neisseria gonorrhoea ağızdan bulaşamaz. Beyin, damar ve periton içine verilen mikroorganizmalar,  diğer yollardan, daha çabuk hastalık meydana getirirler.

Vücudu mikroplardan koruyan sistemlerden   biri de deri ve mukozaların mikroplar üzerine olan inhibitör ve öldürücü etkileri çok önemlidir. Deri dokusu salgılarıyla birçok mikroorganizmaların ölmesine sebep olmasına rağmen,  derideki kıl ve yağ folliküllerinden ve çok küçük yaralardan mikroplar girerek infeksiyonlar yapabilirler (S. aureus, streptokoklar ve korinebakteriler,  leptospiralar, vs.). Solunum ve genital organlarda bulunan mukus salgılayan hücreler de mikropların mukoza hücrelerine yerleşmesine mani olur. Bazı mikroplar  lizozim enziminin etkisiyle  öldürebilirler. Fakat, buna rağmen yine buralardan mikroplar girebilirler. Göz yaşının da aynı şekilde,  mikroplar üzerine olumsuz etkisi vardır. Fakat,  göz konjonktivası yolu ile de mikroplar hastalık yapabilirler.  Mide asiditesi bazı salmonellaları inhibe eder. Fakat,  bu asiditenin bozulduğu zamanlarda mikroplar mideyi kolayca geçebilirler.

Bazı mikroplar normal deri ve mukozadan geçemezler. Ancak, deride ve mukozada meydana gelecek çok ufak mikroskobik yaralar mikropların giriş kapısı vazifesini görürler.  Deri üzerinde sokucu insektlerin açtığı yaralardan mikroplar kolayca girebilirler. Su ile fazla yumuşamış deriden leptospiralar ve brucellalar kolaylıkla geçebilirler.

2- Mikrobun dozu (miktarı): Vücuda porantrelerden giren mikroorganizmalar,  bir infeksiyonu başlatabilecek miktarda, olmalıdırlar (MİD minimum infektif doz). Bu limitin altında girenler, vücudun  hücresel ve humoral savunma sistemleri ile kolayca yok edilirler.  Mikrop sayısı ne kadar fazla olursa,  konakçının hastalanma şansı o derece artar.  Hastalık yapma veya başlatma limiti mikropların virulensine ve konakçının duyarlılığına göre de değişir. Virulensi fazla olan mikroorganizmalar çok hassas konakçıya az sayıda girseler bile, bir infeksiyonu başlatabilirler.  Pasteurella multocidae için güvercinler,  antraks basilleri için fareler örnek verilebilir.