Yayınlanmak üzere Orlab On-line Mikrobiyoloji Dergisi Yayın Yönetmenliğine gönderilen makale öncelikle yayın kurallarına uygunluk açısından Yayın Yönetmenliği tarafından değerlendirilir. Yayın kurallarına uygun makale sadece bilimsel değerlendirme için Yayın Kurulu Başkanı tarafından seçilen 2 hakeme gönderilir.  Yayın Kurulu Başkanı, yayınlanmak üzere gönderilen çalışmanın "bilimsel inceleme" sürecinin herhangi bir aşamasında Yayın Kurulu Üyesi olan ve/veya olmayan bir ya da daha fazla akademisyeni "hakem" olarak atama hakkını saklı tutar. 

Hakemlerden bilimsel olarak "gönderildiği gibi yayınlanabilir, küçük düzeltmeler ile yayınlanabilir, büyük düzeltmeler ile yayınlanabilir, yayınlanamaz" şeklinde somut öneri istenmektedir. 

Her iki hakemden de "gönderildiği gibi  yayınlanabilir" ve/veya "küçük düzeltmelerden sonra yayınlanabilir" kararı gelirse ve Yayın Kuralları'na uygunsa çalışmanın izleyen ilk dergide yayınlanması için gereken koşullar büyük ölçüde sağlanmıştır. 

Her iki hakem de "yayınlanamaz" şeklinde görüş verir ise Orlab On-line Mikrobiyoloji Dergisi dosyayı işlemden kaldırır ve "itiraz hakkı kapalı olmak üzere" hakem eleştirileri ile birlikte durum yazara bildirilir ve telif hakkı devir formu iade edilir. 

Diğer bütün koşullarda yazardan  görüş istenir. Bu görüş her iki hakem ve Orlab On-line Mikrobiyoloji Dergisi Yayın Kurulu Başkanı tarafından gerekirse seçilecek üçüncü bir hakeme gönderilir. Hakemlerden gelen yanıtlar Orlab On-line Mikrobiyoloji Dergisi Yayın Kurulu Başkanı tarafından değerlendirilir, gerekirse başka uzmanların görüşü alınır, ve karar gerekçeli olarak "kabul ya da red" şeklinde yazar ile muhatap tüm hakemlere bildirilir. 

Bu kuralların istisnası olarak tamamlanmış Doktora Tezleri ve TÜBİTAK projelerinden hazırlanan çalışmalar sadece 1 hakeme gönderilir. Bu hakemden "büyük düzeltmeler ile yayınlanabilir" ya da "yayınlamaz" şeklinde görüş gelir ise Orlab On-line Mikrobiyoloji Dergisi Yayın Yönetmeni ikinci bir hakemin görüşünü almak üzere yazardan yeni bir kopya daha ister.