Mikroorganizmalar doğada veya canlıların vücutlarında, genellikle, tek olarak değil, iki bazen de fazla etken türü ile birlikte oluşturduğu populasyon halinde bulunur, yaşar ve ürerler. Ancak, bu ifade, hiç bir zaman bütün patojenik ajanların tek olarak hastalık yapamaz anlamına gelmemelidir. Çünkü, bir çok mikroorganizma da canlılarda tek tür olarak infeksiyonu başlatabilir ve hastalık meydana getirebilir.

Bazı mikroorganizmalar, birlikte bulundukları süre içinde, daha kolay ve iyi bir tarzda gelişme ve üremelerine karşın, bunları tek olarak izole etmek genellikle zordur veya tek olarak üremeleri mümkün değildir. Çünkü, birlikte ve yaşadıkları zaman karşılıklı yararlar sağlayarak birbirlerinin üremelerini ve etkinliklerini desteklerler.

Birden fazla ve farklı organizmanın birlikte yaşamalarına, genel olarak, sembiyozis (symbiosis) adı verilmektedir. Organizmalar, doğada veya canlılarda birkaç şekilde sembiyotik bir yaşantı içinde bulunurlar. Eğer, organizmalardan biri (sembiont, sembiot), partneri olan organizmanın üzerinde yaşıyorsa buna ektosembiyozis, içersinde yaşıyorsa endosembiyozis olarak adlandırılır. Bu iki form da bulunan organizmalar yaşantıların türüne göre bazı kısımlara ayrılırlar.

1) Mutualizim: Bu tür bir sembiyotik yaşantı içinde   bulunan organizmalar birbirlerine karşılıklı yararlar sağlarlar. Konakçı ve mutualist organizmalar birbirlerinin metabolitlerine gereksinim duyarlar yaşamaları ve üremeleri de bu tür karşılıklı ilişkiye bağımlıdır. Diğer bir ifade ile, biri olmazsa diğeri de olamaz. Bu bakımdan, böyle organizmaları tek olarak izole etmek ve üretmek oldukça zordur. Ancak, kendileri, partnerinin sağlayacağı metabolitlerin ortamda bulunması veya katılması kaydıyla üretilebilirler.

Bu tür yaşantı tarzına bakteriler, mantarlar, algler, parazitler, protozoa (protozoonlar) ve diğer organizmalar arasında gerek doğada ve gerekse canlıların vücudunda rastlamak mümkündür. Örn; fenil alanin içermeyen bir ortamda Lactobacillus plantarum ve Streptococcusfaecalis tek başına gelişemez ve üreyemez. Bu iki mikroorganizma birlikte bulunursa her ikisinin de bolca ürediği görülür. Her bir mikroorganizma birbirinin gereksinim duyduğu faktörü sentezler ve böylece her ikisi de kolayca ürer (S. faecalis, fenil alanin 'i ve L. plantarum 'da pteroylglutamic asidi sentezler). Böylece mikroorganizmalar birbirlerinden karşılıklı yararlar sağlarlar.

Toprak bakterileri (Rhizobium cinsi), Legiminosae familyasına bağlı bitkilerin köklerinde bulunan yumrular içinde yaşarlar. Bu mikroplar atmosferik nitrogenden yararlanarak, organik bileşikler yaparlar. Baklagil bitkisi de bakterilerde bulunan bu nitrogenli bileşiklerin nitrogeninden faydalanır. Buna karşılık, bakteriler de kendileri için lüzumlu olan bazı organik maddeleri bitki öz suyundan alırlar.

Paramecium bursaria ile yeşil bir alg olan Zoochlorella arasındaki yaşantı da örnek olarak verilebilir. Paramecium 'la birlikte bulunan alg, bunun metabolizma artıklarından ve karbondioksitinden yararlanarak organik bileşikler sentezler. Buna karşılık, paramecium da algin sentezlediği organik maddelerden yararlanır. Ayrıca oksijen de verir. Paramecium algi gıda ve ışık olan yerlere taşır ve onu çevresel faktörlerden korur. Alg paramecium'un içinde yaşar ancak, paramecium tarafından sindirilmez.

Ruminantların sindirim sisteminde bulunan mikroorganizmaların sellüloz ve diğer polisakkaridleri ayrıştırması sonu oluşan ara maddeler (asetik, propionik ve butirik asit) rumen duvarı hücreleri tarafından absorbe edilir. Bunlar sonradan okside olarak hayvan için enerji kaynağını teşkil eder.

Protozoonlardan olan flagellalı Trichonympha ile termitler (odun yiyen karıncalar) arasında da karşılıklı yardımlaşmaya dayanan (mutualism) bir yaşam tarzı bulunmaktadır. Termitlerin yedikleri ağaç parçacıklarını, bunların barsaklarında yaşayan protozoa da alarak sellülozu dijeste ederler. Bu sindirim sonunda oluşan asetatlar ve diğer ürünlerden de termitler yararlanırlar. Çünkü, termit'ler sellülase enzimi sentezleyemezler.

Buna benzer diğer örnek de, likenler ile bunların içinde bulunan ve fungal partneri olan yeşil algler gösterilebilir.

2- Komensalizm: Bu tür birlikte yaşantıda, mikroorganizmanın biri faydalanır, diğeri ise ne yarar ve ne de zarar görür. Bir kısım mikroplar besi yerinde bulunan gıdaların bazılarını ayrıştıracak enzimlere sahip değildirler. Bu nedenle bu maddelerden yararlanamazlar. Böyle bir ortamda birinci mikroorganizmanın ayrıştıramadığı maddeyi parçalayabilen ikinci bir mikrop bulunursa bu takdirde, gıda maddesi ikinci mikroorganizma tarafından ayrıştırılır. Oluşan ara maddelerden birinci mikroorganizma da yararlanır. Böylece her iki mikrop da yaşantısını sürdürür. Ancak ikincisi, birinciden bir yarar sağlamaz.

E. coli, dekarboksilasyonla, arginini agmatine ve ornitini de putresine çevirebilir. Ancak, arginini ornitine hidrolize edemez. Buna karşılık. S. faecalis ise arginini ornitine hidrolize edebilir, fakat, arginini agmatine veya ornitini putresine dekarboksile edemez. Sadece arginin içeren bir ortamdan ne E. coli ve ne de S. faecalis tek başına putresin oluşturamaz. Eğer bu iki mikroorganizma birlikte aynı besi yerinde üretilirse, S. faecalis, arginini ayrıştırarak ornitin oluşturur ve bu ara madde de E. coli tarafından ayrıştırılarak putresin meydana gelir. Bu yaşantı tarzında E. coli yararlanmış, S. faecalis ise herhangi bir fayda görmemiştir.

Konmensalizme hayvanların barsaklarında yaşayarak vitamin (Vit.B) ve amino asit sentezleyen mikroplar da örnek verilebilir. Bunlar, üzerinde yaşadıkları hayvanlara bu maddeleri hazırlayıp verirler. Buna karşılık kendileri hayvandan herhangi bir yarar sağlamazlar. İnsanların barsaklarında yaşayan bazı mikroplar da, K-vitamini yönünden yararlar sağlarlar. Likenler ile algler arasında da bu tarz bir yaşantı vardır.

3- Sinergizm: Sinergizm iki veya daha fazla mikroorganizmanın, birbirinin etkisini destekleyerek, birlikte oluşturdukları bir olguyu, infeksiyonu veya durumu ifade eder. Bu etkenlerin hiç biri tek başına aynı sonucu meydana getiremezler. İnsan ve hayvanlarda görülen bazı miks infeksiyonların bir kısmı sinergetik tarzda oluşturulmaktadır. Yani, iki veya daha fazla mikroorganizma birlikte çalışarak hastalığı meydana getirirler. Örneğin, insanların ağız mikroflorası arasında yer alan T.vincentii ile F.nucleatum mikroorganizmalarla birlikte Plaut Vincent anjini, gingivit, stomatit vs. bozukluklar meydana getirir. Domuzların influenzası, H. suis ile domuz influenza virusunun ortaklaşa dayanışması sonu; koyunların piyeteni, Sphaerophorus necrophorus ile F. nodosus ’un birlikte sinergetik yaşantısı neticesinde meydana gelmektedir. Kuzularda görülen bazı pnömoniler de aynı şekilde, PPLO + P. multocidae veya P. haemolytica ’nın ortaklaşa aktivitesi sonucu gelişirler. Bu verilen örneklerde adı geçen mikroorganizmalar tek başına tam klinik tablolu bir infeksiyon oluşturmamalarına karşın, az çok hafif bir hastalık meydana getirebilirler.

Bazı durumlarda, her birinin tek başına zararsız olduğu mikroorganizmalar, birlikte verildikleri zaman, hastalık oluşturabilirler.

4- Antagonizm: Bazı mikroorganizmalar, üredikleri ortama saldıkları bir takım eriyebilir maddelerin ya direkt (toksik maddeler, antibiyotikler, antifungal maddeler, bakteriosin, pyocyanin, v.s.) veya indirekt etkileri (ortamın pH ’sının, ozmotik basıncının, yüzey geriliminin değişmesi, vs.) ile diğer mikroorganizmaların üremelerine, gelişmelerine mani olabilir veya öldürebilirler. Örn; insanların nasofarinksinde bulunan S. viridans, patojenik olan C. diphtheriae üzerine olumsuz etkisi vardır. E. coli ’nin oluşturduğu colicin, P. aeruginosa ’nın sentezlediği pyocyanin bunları sentezlenmeyen etkenler üzerine inhibitör etkisi bulunmaktadır. Buna benzer örnekler B. subtitis ve B. brevis için de verilebilir.

Mikroorganizmaların metabolik artıkları (organik asitler, v.s.) genellikle ortamın pH 'sını değiştirerek, pH düşmesine ve çok duyarlı mikropların üremelerine mani olurlar.

Mantarların oluşturduğu antibiyotikler birçok Gram pozitif ve Gram negatif mikropların üzerine bakteriostatik veya bakterisid etki yaparlar (antibiyozis).

5- Parazitizm: Bazı mikroorganizmalar üzerinde veya içinde yaşadığı konakçıdan yararlanırlar. Konakçıya hiç bir faydaları yoktur ve hatta direkt veya indirekt zararlı etki yaparlar. İnsanlar ve hayvanlarda hastalık yapan etkenleri bu yönlerden (bakteri, virus, mantar, helmint, v.s.) parazit olarak kabul edebiliriz. Bunlar konakçısının zararına, yaşantılarını sürdürürler. Bazı bakteriler (klamidia), bakteriyofajlar ve viruslar da birer hücre parazitidirler.

6- Oportunizm: İnsan ve hayvanların çeşitli sistemlerinde (sindirim, solunum, urogenital, v.s.) veya çeşitli yerlerinde normal olarak yaşayan, fakat hastalık oluşturamayan etkenler, konakçının sıhhatinin bozulması veya çevre koşullarının değişmesi sonu hastalık oluşturabilirler. Örn; insanların farinsklerinde bulunan ve hemolitik olmayan streptokoklar veya oral flora, dengenin konakçı zararına bozulması sonucu, kalp kapaklarında bozukluk yapabilirler. Candida albicans 'lar, bazı özel durumlarda (antibiyotik sağaltımından sonra), hastalık oluşturabilecek duruma gelebilirler. Aynı tarz hastalanmalara, akciğerlerde, deride, sindirim kanalında, urogenital sistemde v.s. yerlerde rastlanabilir.

7- Kompetisyon (rekabet): Aynı gıda, reseptör, substrat, vs için iki etkenin karşılıklı rekabete girmesi, birinin yerini diğerinin alması tarzında ortaya çıkan bir yaşam tarzıdır. Bunun örneklerini, özellikle antibiyotiklerin karşılıklı etkileşiminde, veya barsaklardaki aynı reseptörü, gıdayı, kimyasalı, vs. paylaşan mikroorganizmalar arasında görmek mümkündür.