Çevre Mikrobiyolojisi

Çevre Mikrobiyolojisi

01. Giriş

Çevreyi oluşturan temel unsurlar olan hava, su ve toprakta ekolojik bir denge vardır. İnsan dışında tüm canlılar, bu doğal ortamda bir aksaklık olmadan yaşamlarını sürdürürler. Ancak, çevresi ile ekolojik uyum içinde bulunmayan tek canlı türü olan insanın yüzyıllardan beri süregelen faaliyetleri sonunda ekolojik denge bozulmuştur. Bir diğer deyişle insan gerek kendisi gerek çevresindeki flora ile faunayı olumsuz yönde etkileyen ve çevresini doğal ekolojik denge ile temizlenemeyecek boyutta kirleten tek canlı türüdür.

Onaltıncı Yüzyıla kadar dünya nüfusunda kayda değer bir artış olmamıştır. Bunun başlıca nedenleri arasında tarımsal üretimin yetersiz olması, kıtlıklar ve salgınlar sayılabilir. Daha sonra tıp ve sanayideki gelişmeler ile tarımsal üretimdeki artışlar doğrudan nüfus artışına neden olmuştur. Buna paralel olarak sürekli artan nüfusun gereksinmelerini karşılayabilmek tarımda ve endüstride “daha çok üretim” zorunluğunu ortaya çıkmıştır. Bu artış ise daha çok atık sorunu oluşturmuştur.

Yeryüzünde bu tarihte 8 milyar (8x10⁹= 9,9 log) insan varken tipik olarak topraktaki bakteri sayısı 40 milyon/g (4x10⁷/g= 7,6 log/g) ve ortalama olarak insan dışkısında 90 milyar/g (9x10¹⁰/g= 10,95 log/g ≈ 11 log/g) bakteri vardır. İnsan vücudundaki yapısal hücre sayısı ortalama olarak 30 trilyon (3x10¹³= 13,5 log) kadardır. Oysa yoğurtta yaklaşık 10⁸/g (8 log/g) bakteri vardır. Devamında bilim insanları, sular dâhil olmak üzere yeryüzünde toplam beş nonilyon (5×10³⁰= 30,7 log) bakteri ve 10³¹ (=31 log) bakteriyofaj (bakteri virüsleri) bulunduğunu tahmin etmektedirler.

Buna göre yeryüzündeki hâkim mikroflora bakteriyofajlardır, bunu bakteriler izler. Fungi (maya ve küfler), mikofajlar (maya ve küf fajları) sayısı hakkında sağlıklı bir tahmin bulunmamaktadır. Sonuç olarak yeryüzündeki mikroorganizmalar dışındaki diğer tüm canlı türleri, mikroorganizmalar ile aynı çevreyi paylaşmaktadır ve dünyadaki yaşam, mikroorganizmaların davranışları üzerine kurulmuştur.

Mikrobiyolojinin en karmaşık dalı hiç kuşkusuz çevre mikrobiyolojisidir çünkü bu tanım altında hava mikrobiyolojisi (aerobiyoloji), su mikrobiyolojisi, toprak mikrobiyolojisi, atık su arıtımı vb. çok fazla alt disiplin vardır. Basitçe su mikrobiyolojisi denildiğinde bile tatlı su ve deniz suyu ekosistemleri birbirlerinden çok farklıdır. Tatlı sularda ise nehir ve göl sularındaki ekosistemler arasında kayda değer farklılıklar görülmektedir. Üniversitelerin biyoloji, çevre mühendisliği ve ziraat fakültelerinde “çevre mikrobiyolojisi”, “toprak mikrobiyolojisi”, “fitopatoloji; bitki hastalıkları” vb. lisans ve yüksek lisans dersleri verilmektedir, ancak doğal olarak her disiplin konuya kendi yaklaşımı ile eğitim vermektedir. Örneğin, toprak mikrobiyolojisi denildiğinde ziraat fakültelerinin toprak bölümlerinde Rhizobiyoloji (baklagiller ile ortak yaşayan yararlı bakteriler) önemli iken aynı fakültelerin bitki koruma bölümlerinde fitopatoloji derslerinde toprak kaynaklı hastalık yapan mikroorganizmalar ve bitkilerde hava ile taşınan hastalık yapan mikroorganizmalar ele alınır. Biyoinsektisitler ise yine ziraat fakültelerinin bitki koruma bölümlerinin entomoloji konularında ele alınır. Ancak, bu bilim dallarının tümünde mikrobiyoloji ile ortak çalışılır.

02. Aerobiyoloji

Başta bakteri, maya ve küf sporları olmak üzere çeşitli mikroorganizmalar rüzgâr ile farklı bölgelere taşınır. Bu taşınma öncelikle rüzgârın yönü ve şiddeti, dağlar gibi doğal engeller, esinti sırasında yağmur yağması vb. etkenler ile ilgilidir. Rüzgârın dinmesinden sonra yerçekimi etkisi ile bu sporlar, yeryüzünün farklı bölgelerine düşerler. Hava sıcaklığı, güneşin UV etkisi, sporların düştüğü toprak ya da su ortamında besin maddeleri varlığı ve asitlik ile nem miktarı, topraktaki rekabetçi mikroorganizmaların varlığı gibi etkenlere bağlı olarak yeni bir ekosisteme taşınan mikroorganizmalar ölür ya da spor formunda canlılıklarını korur veya uygun koşullar gerçekleşirse spor formundan vejetatif forma geçerek çoğalırlar.

Mikroorganizmaların çevreye yayılması için rüzgâr şart değildir. Dünyada en çok ölüme neden olan mikrobik hastalık olan grip virüsleri (influenza, kuş gribi, SARS, COVID19 vb.) ile zatürre etmeni mikroorganizmalar, basit bir hapşırık ve öksürük ile çevreye yayılır.

Bir gıda işletmesinde aynı ortamda reçel ve tereyağı paketlemesi yapılıyorsa tereyağında alışılmadık/ beklenmedik sayıda maya bulaşması görülebilir. Burada çalışanların işletme içinde yürümesinin oluşturduğu çok hafif bir rüzgârdan dolayı tereyağının maya ile bulaşması bir anlamda kaçınılmazdır.

Doğada her canlı türü, yaşaması için enerjiye gerek duyar ve bu enerjiyi beslenerek sağlar. Tüm canlılar enerji cimrisidir ve en az enerji sarf ederek besin maddelerini sağlamaya çalışır. Çevrede bunun yüzlerce örneği görülür. Basitçe bir tahıl işleme fabrikasının çevresinde yüzlerce kuş görülür. Ama bir salça işletmesinin çevresinde tahıl işletmesindeki kadar kuş görülmez. Oysa salça işletmesinin havasında bitki kaynaklı laktobasiller, pek çok gıda işletmesindekinden çok daha fazladır çünkü bitki kaynaklı laktobasiller için domates çok iyi bir besin kaynağıdır. Benzer şekilde üzüm bağlarında mayalar doğal olarak bulunur ve tümü bağda hafif rüzgârlarla tüm üzümlere bulaşır.

Genel olarak kabul edildiği şekli ile gıda, çevre ve her türlü su vb. ortamlarda E. coli saptanırsa sıcak kanlı hayvanların (memeliler ve kuşlar) dışkısı bulaştığı ve dolayısı ile dışkı kaynaklı Salmonella, Shigella, çeşitli bağırsak parazitleri vb. primer patojenlerin de bu ortamda bulunabilme potansiyelini kanıtlar. Ancak, son araştırmalar bu iddiayı tümüyle çürütmüştür ve hiçbir şekilde sıcak kanlı hayvan dışkısının bulaşmadığı kanıtlanmış olan çevresel örneklerde E. coli varlığı saptanmıştır. Devamında yapılan araştırmalar, kurumuş sığır dışkılarındaki E. coli’nin rüzgâr ile taşınabildiğini ve eğer E. coli bu şekilde taşınabiliyorsa Salmonella ve Shigella’nın da bu şekilde taşınabilme potansiyeli olduğunu kanıtlamıştır.

Özellikle tahıllarda hastalıklara neden olan küfler ile Clostridium botulinum sporlarının rüzgâr ile uzak bölgelere taşınabildiği ve bunların biyolojik savaş etmeni olarak kullanılabildiği kanıtlanmıştır.

Hastanelerin özellikle ameliyathaneleri ve örneğin süt ürünleri işletmelerinin starter kültür hazırlama laboratuvarları, gıda ve ilaç sanayisinde dolum başlıklarının olduğu alanlar tümüyle steril olmak zorundadır. Yüzeyler ve kullanılan alet ekipman, çeşitli dezenfektanlar ya da ısıl işlemle mikroorganizmalardan arındırılırken ortam havasının sterilizasyonu için hepa filtre, UV lambalar, ozon gazı vb. uygulamalar kullanılır ve devamında bu ortamlarda pozitif basınç verilerek dış ortamdan içeriye mikroorganizma kontaminasyonu engellenir. Bu gibi ortamlarda havadaki mikroorganizma sayısı sürekli kontrol edilmelidir. Bu sitenin ana sayfasında bulunan ve bilgisayarlara şifresiz ve ücretsiz olarak indirilebilen Gıda Mikrobiyolojisi kitabının “07.02.06. Hava ve Yüzeylerin Analizi ” bölümünde bu konuda ayrıntılı bilgi bulunmaktadır.

03. Su Mikrobiyolojisi

Su mikrobiyolojisi; biyolojik atık su arıtımı, içme ve kullanma sularının mikrobiyolojik güvenliği ve doğal su kaynaklarının mikrobiyolojisi olmak üzere üç alt grupta incelenebilir.

03.01. Biyolojik Atık Su Arıtımı

Atık sulardaki organik maddeler, kontrollü olarak mikroorganizmalar tarafından parçalanarak küçük moleküllere dönüştürülür. Organik madde içeriği yüksek olan atık sular arıtılmadan alıcı su kaynaklarına (örneğin nehirlere) verilirse nehirdeki aerop bakteriler sudaki oksijen aracılığı ile bu organik maddeleri besin kaynağı olarak kullanmaya başlar ancak, oksijen tükenince anaeroplar devreye girer ve ekolojik denge tümüyle bozulur, protozoa ve balıklar ölür ve anaerop metabolizma sonucu ortaya çıkan H₂S vb. ürünler nedeniyle kokuşma başlar (ötrofikasyon; eutrofikasyon).

Evsel ve endüstriyel atık sular çok faklı kirlilikleri içerir. Aşağıda kritik bir örnek olarak peyniraltı suyu (PAS) verilmiştir. PAS, sadece düşük derişimlerdeki zararsız organik bileşenler ve mineraller ile süt yağı içermesine rağmen PAS’nun doğrudan alıcı su kaynağına verilmesi ciddi bir kirlilik oluşturur. PAS BOD’si 40-60 g/L (40.000-60.000 mg/L= 40.000-60.000 ppm)’dir.

BOD (Biological Oxygen Demand; BOİ: Biyolojik Oksijen İhtiyacı), kirli sulardaki organik maddelerin bu suyun içindeki mikroorganizmalar tarafından 5 gün içinde %95’inin parçalanması için gereken oksijen miktarıdır. İçme ve kullanma sularında BOD değeri ölçülemeyecek kadar düşük iken temiz nehir sularında genel olarak 1-3 kadardır.

BOD değeri 40.000 olan atık sular, aerobik ya da anaerobik biyolojik arıtma için sınırdır. Bu sınırın üzerindeki atık sular için aerobik arıtma genellikle yetersiz kalır ve anaerobik arıtma öne çıkar.

Arıtma pahalı bir işlemdir ve genellikle gıda işletmeleri arıtma giderlerini azaltmak için atık suları farklı yöntemlerle işleyerek farklı ürünlere dönüştürmeyi tercih ederler. Örneğin PAS için uygulanan 2 farklı yöntem; PAS lor peyniri yapmak ya da PAS tozu yapmaktır. Lor peyniri ya da PAS tozu yapmak işletme için bir gelir gibi düşünülse de işletme açısından asıl amaç, arıtma giderlerinden kurtulmaktır. Şeker fabrikası yan ürünü olan melas ise alkol üretiminde kullanılarak önemli bir gelir sağlanır.

Aerobik arıtmada atık su, büyük havuzlara alınır ve sürekli oksijen verilerek aerobik bakterilerin organik maddeleri olabildiğince küçük moleküllere parçalaması hedef alınır. Bu küçük moleküller ile kasıt, esas olarak su ve CO₂’dir. Bu tepkime bir anlamda fotosentezin tersidir ve bitkilerin gelişmesi için fotosentezde gereken CO₂’i sağlar. Aslında doğadaki karbon döngüsü, esas olarak ölmüş bitki ve hayvan dokularının yeterli nem ve sıcaklık ortamında su ve CO₂’e parçalanması ile sağlanır.

Anaerobik arıtmada ise kapalı bir ortama atık suyun depolanması, önce aerobik bakterilerin metabolizması sonunda ortamda oksijenin tüketilmesi, ardından anaerobik bakterilerin devreye girmesi ile gerçekleşir. Bu metabolik tepkime sonunda oluşan metan gazı yakılarak çok ciddi boyutlarda enerji elde edilir. Gerek bitkisel gerek hayvansal üretim yapan büyük tarımsal işletmelerde yapılan biyogaz üretimi esas olarak anaerobik arıtmadır.

Gerek aerobik gerek anaerobik arıtımda organik maddeler, bakteriyel faaliyet sonrası parçalanır ve bu süreçte ortamda bakteri kütlesi artar. Aktif çamur olarak adlandırılan bu kütle, çeşitli endüstriyel aşamalardan geçirildikten sonra tarımsal üretimde doğal gübre olarak kullanılır. Arıtma sonrası temizlenmiş olan atık sular ise gerekirse ileri işlemlerden geçirilerek yine tarımda sulama suyu olarak kullanılır.

Biyolojik atık su arıtımında en büyük sorunlar arasında evsel atıklardaki deterjanlar ile çamaşır suyu gibi dezenfektanlar, tarımsal üretimde kullanılan anorganik gübreler ve pestisitler ile özellikle hastane atık sularındaki patojenler ve antibiyotiklerdir. Bu gibi atıklardaki mikroorganizma gelişimini olumsuz yönde etkileyen kimyasallar çeşitli yöntemlerle nötralize edilir. Hastane atık sularındaki patojenlerin imhası için son zamanlarda “Elektron Beam” gibi özel radyasyon uygulamaları üzerinde yoğun çalışmalar yapılmaktadır.

03.02. İçme ve Kullanma Sularının Mikrobiyolojik Güvenliği

İkinci Dünya Savaşı sonrası tüm Avrupa’da ama özellikle Almanya’da altyapı önemli ölçüde yıkıma uğramış ve içme suyundaki kolera riski ciddi boyutlara erişmiştir. Bu tarihlerde Göttingen Üniversitesi’nde Prof. Richard Zsigmondy tarafından icat edilen membran filtrasyon teknolojisi bu sorunu çok önemli ölçüde gidermiştir. Membran filtrasyon; sıvıların mikroorganizmalardan ve katı partiküllerden arındırılması için kullanılan çok küçük gözenekli filtrelerdir. Bu filtrelerde gözenek çapı “por” ile tanımlanır. Basitçe por, örneğin basit bir çay süzgecindeki delik çapı değildir. Selüloz asetat ya da karışık ester çözeltileri bir şekilde çöktürülür, bu çökeltinin en dar yeri (çapı) por olarak tanımlanır.

Günümüzde doğal kaynaklardan sağlanan içme ve kullanma suları, çeşitli fiziksel ve kimyasal yöntemlerle safsızlıklarından arındırılır ve en son aşamada endüstriyel boyuttaki membran filtrelerden geçirilerek kullanıma/ tüketime sunulur.

Membran filtrelerin, günümüzde su mikrobiyolojisi dışında da yaygın kullanım alanları vardır. Örneğin, hastane ameliyathanelerinde, gıda sanayisinde özellikle starter kültür hazırlama aşamasında havanın sterilizasyonu vb. amaçlarla kullanılmaktadır.

Bu teknoloji, mikroorganizma öldürmeye yönelik değildir. Sadece basit bir sinek teli gibi fiziksel olarak mikroorganizmaların arındırılmasıdır. Öldürücü bir işlem olmadığı için D ve z değerleri yoktur. Bu sitenin ana sayfasında bulunan ve bilgisayarlara şifresiz ve ücretsiz olarak indirilebilen Gıda Mikrobiyolojisi kitabının 11. bölümünde içme ve kullanma sularının mikrobiyolojisi hakkında bilgi vardır.

03.03. Doğal Su Kaynaklarının Mikrobiyolojisi

Kanada’da çocukların yüzdüğü ve rekreasyon amacıyla kullanılan bir nehirde hükümet tarafından patojen riskine karşı klorlama yapılmasına rağmen 2000 yılı haziran ayında klorlama arızasının fark edilmemesi nedeniyle E. coli O157:H7 salgını nedeniyle hastalanmalar ve ölümler olmuştur. Nehrin daha yukarı kısımlarında enfekte hayvanların dışkıları ile suyu kontamine etmesi beklenir.

Benzer şekilde tarımda sulama sularına hayvan dışkılarının bulaşması da kaçınılmazdır. Dünyanın her yerinde sulama sularındaki patojen bulaşması, tarımsal hammadde üretimindeki en ciddi sorunlardan biridir. Ayrıca yeterince arıtılmamış kanalizasyon suları da bir şekilde sulama sularına karışabilmektedir.

Akan sular, çok fazla mikroorganizma içermez. Bu suların göllere ya da denize döküldüğü yerlerde suyun taşıdığı organik madde yoğunluğu artar ve dolayısıyla mikroorganizma yükü akan suya göre çok daha yüksek olur.

Deniz kaynaklı halofil patojen Vibrio parahaemolyticus, açık denizlere kıyasla dere ağızlarında çok daha yoğun olarak bulunur.

04. Rhizobiyoloji

Bitkisel üretimde gübreleme en önemli girdiler arasındadır ve azotlu gübrelerin kullanımı bir anlamda zorunludur. Ancak, toprağa verilen azotlu gübrelerin tamamı bitkiler tarafından kullanılamaz ve küçümsenemeyecek bir bölümü sulama suyu ve yağmurlar ile yeraltı sularına karışarak çevre kirliliğine neden olur.

Rhizobium türü bakteriler, baklagiller ile ortak yaşayarak (simbiyoz) toprağa baklagilin gerek duyduğu azotu kazandırır, bunun karşılığında bitki köklerinden kendilerine gerek olan besin maddelerini bir anlamda emerler. Bu simbiyotik ilişkide sadece bitkinin gelişmesine yeterli olan azot, toprağa değil doğrudan baklagile aktarıldığı için toprakta bir azot kirliliği oluşmaz.

Baklagil yetiştirilen toprakta yeterli azot yoksa baklagil bitkisi lektin adlı bir kimyasalı toprağa salgılar. Lektin bir anlamda Rhizobium türleri için bir davettir. Bu davet üzerine bu bakteriler baklagilin köküne yerleşir ve havanın serbest azotu bakterideki nitrogenaz enzimi aracılığı ile amonyağa dönüştürülür. Amonyak ise baklagil tarafından aminoasitlere dönüştürülerek bitki gelişiminde kullanılır. Bu işlemler “azot tespiti” ya da “azot fiksasyonu” olarak adlandırılır.

Azot fiksasyonu, bitki gelişme evresinin yarısından sonra başlar ve dane bağlama aşamasında en üst düzeye çıkar. Bir vejetasyon devresinde fikse edilen azotun %90 kadarı bu aşamada gerçekleşir çünkü bitkinin azota gereksinmesinin en yüksek olduğu dönem dane bağlama aşamasıdır.

Her baklagil türü farklı kimyasal yapıda lektin salgılar ve buna bağlı olarak o baklagil ile simbiyotik ilişkiye giren Rhizobium türü farklıdır;

Rhizobium leguminosarum: Bezelye, mercimek, fiğ

Rhizobium phaseoli: Fasulye

Rhizobium trifoli: Üçgül

Rhizobium meliloti: Yonca

Rhizobium lupini: Bakla

Rhizobium japonicum: Soya, börülce, yer fıstığı

Rhizobium cicer: Nohut.

Rhizobium türleri, toprakta doğal olarak bulunur ancak, çoğu kere sayıları azdır ve azot fiksasyon yetenekleri zayıftır. Bu nedenle endüstriyel baklagil tarımında yüksek azot fiksasyon gücüne sahip seçilmiş Rhizobium suşları farklı yöntemlerle toprağa katılır.

05. Biyoinsektisitler (Entomopatojenler)

İnsekt, tüm böcekleri tanımlayan bir terimdir. İpek böceği, uğur böceği, arı gibi binlerce farklı türdeki canlı insekt (böcek) olarak tanımlanır. Bunların bir kısmı, insanlar için doğrudan zararlı olmasa da tarımsal üretimde ciddi kayıplara yol açarlar (örneğin mısır koçan kurdu, orman zararlıları vb.). Biyolojik açıdan bakıldığında örümcekler, böcek olarak sınıflandırılmaz.

Entomoloji, tarımsal üretimde ekonomik kayıplara neden olan böcekleri inceleyen bilim dalıdır. Entomopatojen deyimi genel olarak zararlı böceklere karşı kullanılan mikroorganizmaları tanımlarken çoğu defa biyoinsektisit ile aynı anlamda kullanılır.

Sadece tarımsal üretim değil ancak, çok daha geniş kapsamlı olmak üzere sivrisinek vb. istenmeyen canlı türleri için çeşitli kimyasallar yoğun şekilde kullanılmaktadır. Bu kimyasallar ise çevre kirliliği üzerinde oldukça olumsuz etki yapmaktadır ve dolayısıyla çevre ile uyumlu başka uygulamalar üzerinde çok yoğun çalışmalar yapılmaktadır. Biyolojik kontrol yöntemleri üzerinde sürekli çalışmalar yapılmaktadır. Örneğin;

   -Göller, baraj gölleri vb. durağan sularda ya da düşük debili akarsularda sivrisineklere karşı Gambusuia balıkları kullanılır. Bu balıklar sivrisinek larvaları ile beslenir. Ancak bu balık türü “istilacı” tür olduğu için sorun çıkartmaktadır.

   -Uğur böceği, tarımsal üretimde pek çok istenmeyen zararlı böcek larvalarını yiyerek verim artışı sağlar.

   -Özellikle turunçgillerin uluslararası ticaretinde çok önemli sorun çıkaran Akdeniz Meyve Sineği için steril insekt uygulaması giderek yaygınlaşmaktadır.

Bacillus thuringiensis, doğada yaygın olarak bulunan toprak kökenli bir bakteridir. Gıda patojeni olan Bacillus cereus ile çok benzerdir. Hatta gıdalarda B. cereus analizinde selektif katı besiyerinde bu iki bakteri aynı koloni morfolojisi gösterir.

B. thuringiensis, sporlanma aşamasında bir kristal protein oluşturur. Bu protein, böceklerin sindirim sistemine girdiğinde toksik etki gösterir ve ölümle sonuçlanan paralize neden olur. Memeli hayvanlarda hiçbir olumsuz etki yapmadığı tarımsal üretimde yaygın olarak kullanılır; çevreye herhangi bir olumsuz etkisi yoktur. Orman zararlılarına, arı kovanlarında güvenle kullanıldığı gibi hayvan yemlerine katıldığı zaman dışkıyla birlikte atılır ve böylece ahırlarda sinek mücadelesinde yararlı olur. Turizm bölgelerinde kimyasal ilaçlamaya ciddi bir alternatiftir.

GDO (Genetiği Değiştirilmiş Organizmalar) üretimi mısır bitkisine B.thuringiensis’inkristal protein üreten geninin aktarılması ile başlamıştır. Mısır, kalın dış yaprakları nedeniyle kimyasal ilaçlamaya direnç gösterir ve mısır koçan kurdu, bitkide önemli önemli verim azalmasına neden olur. Bu uygulama ile koçana giren kurt, kimyasal ilaçlamaya gerek kalmadan ölür. Bu şekilde mısırda %30 verim artışı sağlanmıştır. Aslında bu doğrudan bir verim artışı değil, koçan kurdunun yediği kısmın kurtarılmasıdır.

06. Biyoremediasyon

Biyoremediasyon, çevre kirleticilerin mikroorganizmalar kullanılarak bulundukları ortamdan uzaklaştırılması sürecidir. Çevre kirletici olarak en yaygın bilinen atıklar plastiklerdir. Her ne kadar özellikle ambalaj ve afiş olarak kullanılan plastiklerin toplanıp geri dönüşümde kullanılması söz konusu ise de tüketilen gıdalarda mikroplastik varlığı endişe verici boyutlara ulaşmıştır. Cam, çevre kirletici olarak sayılmasa da doğada parçalanması yüzyıllar almaktadır. Atık piller, nükleer atıklar ve uzaydaki uyduların potansiyel kirliliği ise ayrı bir çevre sorunudur. Kâğıt karton esaslı basılı yayınlar ve ambalaj materyalinin geri dönüşümü mümkündür.

Bu geri dönüşüm uygulamaları, biyoremediasyon yaklaşımı içinde değerlendirilmez çünkü mikroorganizmalar aracılığı ile bir temizleme işlemi yoktur.

Günümüzde biyoremediasyon yaklaşımında en yoğun çalışılan konular petrol ve plastik tüketen mikroorganizmalardır. 2010 Nisan ayında Meksika Körfezi’ndeki petrol sızıntısı, bilinen en büyük çevre felaketi olarak kayıtlara geçmiştir. Daha öncesinde petrol yiyen bakteriler üzerinde çalışmalar olmakla beraber bu felaketten sonra konu üzerindeki çalışmalar yoğunlaşmıştır.

Biyoremediasyonda kullanılan mikroorganizmalar umut vadetse de bu süreçler çok yavaş ilerlemektedir. İleride genetik mühendisliği gibi bilim dallarının katkısı ile bu süreçlerin hızlandırılacağı umut edilmektedir.