Gıda mikrobiyolojisi temel olarak gıdalardaki istenmeyen mikroorganizmaları konu alan bir bilim dalıdır. Bu çerçevede gıda endüstrisinde şarap, turşu, yoğurt vb. gıdaların yapımında kullanılan starter kültürler gıda mikrobiyolojisini doğrudan ilgilendirmez. Bu tarife göre starter kültürler endüstriyel mikrobiyolojinin gıda endüstrisi alt dalında yer alır.

Bununla beraber gerek yurtiçi gerek yurt dışı kaynaklarda starter kültür konusuna kısmen de olsa gıda mikrobiyolojisi konuları içinde yer almıştır.

Bu sitenin gıda mikrobiyolojisi bölümünde ağırlıklı olarak gıdalarda istenmeyen mikroorganizmalar işlenmiştir. Starter kültürlere yararlı bakteriler bölümünde sadece kısaca değinilmiştir. Buna ilaveten kitaplar bölümünde olduğu gibi sitenin çeşitli yerlerinde gıda mikrobiyolojisi başlığı altında yine starter kültürler ile ilgili dosyalar bulunmaktadır.

Gıda mikrobiyolojisi konuları arasında tifo, paratifo, tüberküloz, şarbon gibi gıdalarla insanlara geçen hastalık etmenleri yer almamaktadır. Bunun temel nedeni gıdaların bu mikroorganizmalar için sadece taşıyıcı olarak rol oynamasıdır. Bir diğer deyiş ile gıda mikrobiyolojisi temel olarak gıda işleme ve taşıma sırasında eksik ve veya hatalı uygulamalar sonunda gıdaları bozan, insanları hastalandıran mikroorganizmalarla ilgilenmektedir. Bu sitede klinik mikrobiyoloji ve veteriner mikrobiyoloji dallarında bu hasalık etmenleri ile ilgili ayrıntılı bilgi alınabilir.

Gıda mikrobiyolojisi bölümü içinde “Gıdalarda İstenmeyen Mikroorganizmaların Analizi” kısmında analizin temel ilkeleri ve mikroorganizma grupları bulunmaktadır. Klinik mikrobiyoloji ve veteriner mikrobiyoloji bölümlerinden farklı olarak gıdalarda bulunan istenmeyen mikroorganizmalar gıda mikrobiyolojisi açısından bakılarak gruplandırılmıştır. Mikrobiyolojik analizin temel ilkeleri bölümünde ise gerekli bilgilere ilaveten ayrıntılı bilgi için linkler ile çeşitli yönlendirmeler bulunmaktadır.