Fungi (mantarlar) deyimi mikrobiyolojinin farklı disiplinlerinde farklı tanımlarla anılmaktadır. Grubun orijinal adı fungi (=Mycota) doğrudan şapkalı mantarları tanımladığı için bir grup mikrobiyolog 3 farklı gruptaki mikroorganizmaları "mantarlar" olarak kabul ederken, özellikle gıda mikrobiyolojisinde mantar denildiğinde sadece şapkalı mantar anlaşılmaktadır. Tüm dünya genelinde süren bu kavram kargaşalığı nedeni grubun aşağıdaki gibi adlandırılması giderek benimsenmektedir;

Flamentli mikrofunguslar (= küfler)

Flamentsiz mikrofunguslar (= maya)

Makrofunguslar (= şapkalı mantarlar)

Özellikle insan ve hayvanlarda hastalık yapan flamentli mikrofunguslar ile gıdalarda bozulmaya neden olanlar aynı grupta iken, genel eğilim hastalık yapanlara mantar, gıdaları ilgilendirenlere küf (mold) denilmesi şeklindedir.

Site içinde yazarların orijinal kullanımlarına sadık kalınmış ve çoğu yerde bu deyimler ortak kullanılmıştır.