Mikrobiyoloji laboratuvarı sadece mikrobiyolojik analizlerin yapıldığı bir yerdir. Bu laboratuvarda hangi dal olursa olsun başta patojenler de dâhil olmak üzere istenmeyen mikroorganizmaların analizi yapılır. Dolayısı ile laboratuvardaki inkübatörler ve çalışma masalarının üzerindeki tüpler, Petri kutuları, erlenlerde bu tip mikroorganizmalar gıdada, klinik ya da çevresel örnekte bulunduklarından çok daha fazla sayıda bulunur.

Her ne kadar klinik mikrobiyoloji laboratuvarlarından farklı olarak, gıda ve çevresel örneklerde patojen olmayan saprofitlerin de analizi yapılmakla beraber, bunların da yüksek düzeyde ve/ veya derideki kesikler gibi farklı yollardan vücuda girmesi halinde tehlikeli olabilecekleri de açıktır.

Benzer şekilde laboratuvardaki istenmeyen mikroorganizmaların gıda işletmesine, hastaneye bulaşma riski de yüksektir.

Buna bağlı olarak, mikrobiyoloji laboratuvarı sadece "çalışılan materyalin mikrop olduğunun bilincinde olan" eğitimli kişilerin çalışabileceği özel bir alan olarak düşünülmelidir.

Konu üzerinde, aşağıdaki bağlantılarda ayrıntılı bilgi vardır.

Gıda Mikrobiyolojisi Laboratuvarı Genel Kurallar: Merck Gıda Mikrobiyolojisi Uygulamaları; "Anonymous, 2005. Merck Gıda Mikrobiyolojisi Uygulamaları. Ed: A. K. Halkman. Başak Matbaacılık Ltd. Şti., Ankara, 358 sayfa." künyeli kitabın 02. bölümü.

Gıda Mikrobiyolojisi Laboratuvarı Genel Bilgiler: "Gıda Mikrobiyolojisi ve Uygulamaları, 2000. Genişletilmiş 2. Baskı; Ankara Üniversitesi Ziraat Fakültesi Gıda Mühendisliği Bölümü yayını. Sim Matbaası, Ankara 522 s" künyeli kitabın 04. bölümü.

Bakteriyoloji Laboratuvarında Çalışma Kuralları ve Laboratuvar Kazaları: "Temel Mikrobiyoloji; Genişletilmiş İkinci Baskı. Prof. Dr. Mustafa Arda. Medisan Yayın Serisi no 46. 2000. Medisan Yayınevi, Ankara" künyeli kitabın 25. bölümü.

Gıda Mikrobiyolojisi Laboratuvar Güvenliği: OrLab OnLine Mikrobiyoloji Dergisi makalesi.