Gıdalarda bulunan istenmeyen mikroorganizmaların analiz yöntemi gıdanın çeşidine, mikroorganizmanın ne denli istenmediğine ve gıda bulunması olası sayısına göre değişir.

Gıda maddesi sıvı ise doğrudan analize alınabilmekle beraber, katı gıdalarda analiz öncesi bir homojenizasyon işlemi zorunludur. Prensip olarak patojen bakteriler belirli bir hacim ya da ağırlıkta var / yok testi ile aranırken , saprofitler sayılır .

Var / yok testlerinde genel yaklaşım 25 g ya da ml gıdada mikroorganizma varlığının belirlenmesidir. Salmonella , Listeria monocytogenes , E. coliO157:H7 gibi primer patojenler bu yöntemle aranır. Ulusal ve uluslararası standartların büyük çoğunluğu bu şekilde düzenlenmiş iken, gıda sanayii kendi kalite yaklaşımı ile örneğin Salmonella için 100 g gıdada analiz yapabilir ve böylece standart kaliteden 4 misli yüksek bir kalite standardı uygulamış olur. Bununla beraber hiçbir kuruluş 25 g ya da ml ‘den daha az örnekte Salmonella aranması yoluna gidemez.

Gıdaların mikrobiyolojik analizinde E. coli genel olarak 1 g ya da ml gıdada bulunmamalıdır. Buna karşı içme ve kullanma sularında genel olarak 100 ml su örneğinde koliform grup bakteriler ve dolayısı ile E. coli bulunmasına izin verilmez. Su analizlerinde fekal kontaminasyon indeksi olarak 100 ml suda enterokok bulunmasın da izin verilmez.

Var / yok testlerinde bir diğer yaklaşım biyolojik stabilite testidir. Konserve sebzeler, konserve et ve balıklar, salça, meyve suyu, reçeller gibi gıdalarda UHT sütlerdeki gibi mutlak sterilizasyon gerekmez. Bu gıdalarda normal depolama koşullarında gelişebilecek mikroorganizma varlığı aranır. UHT sütlerde de aynı yöntemle sterilite testi yapılır.

Gıdalarda sayılan mikroorganizmalar genel olarak gıdalarda belirli düzeyde bulunmasına izin verilen gruplardır. Örneğin açıkta satılan gıdalar ile pastörize içme sütlerinde belirli sayıda mikroorganizma bulunmasına izin verilir. Bu tip gıdalarda toplam bakteri, toplam maya ve küf, toplam koliformlar vb. mikroorganizmalar standart kültürel yöntemler ile sayılır.

Arama / sayma konusunda Staphylococcus aureus, Bacillus cereus, ve özellikle Clostridium perfringens için tartışmalar bulunmaktadır. C. perfringens fekal kontaminasyon indeksi olarak ele alındığında E. coli gibi 1 g ya da ml gıdada bulunmaması gerekirken patojen olarak değerlendirildiğinde S. aureus ve B. cereus gibi 1 g ya da ml ‘sinde 100 ‘den daha az bulunması istenmektedir. Buradaki değer standart analizde kullanılan koloni sayımı ile ilişkili olup, En Muhtemel Sayı (EMS) ya da membran filitrasyon yöntemleri ile analizin duyarlığı yükseltilmektedir.

Gıdaların analizinde sıklıkla karşılaşılan bir sorun koliform analizidir. Hemen tüm ulusal ve uluslararası standartlarda koliform analizinin EMS yöntemi ile yapılması gösterilir iken, gıdanın katı besiyeri ile analizi ve izole edilen kolonilerin tanımlanarak sağlığa aykırı olup olmadığının araştırılması kayda değer ölçüde tartışmalara yol açmıştır. Burada koliform grup bakterilerin izin verilen sayıda olup olmaması önemlidir. Gıda kodeksi ile bu tartışmalar kayda değer ölçüde ortadan kalkmaktadır.

Gıdaların mikrobiyolojik analizinde en önemli hususlardan birisi de amaca uygun besiyeri seçimidir. Doğru seçilmeyen, hazırlanmayan, kullanılmayan besiyeri ile yanlış sonuçlar alınacağı kuşkusuzdur.

Analizin sonunda dikkat edilecek en önemli aşama ekimi yapılmış sterilize edildikten sonra yıkanmasıdır. Ekimi yapıldığı halde mikroorganizma gelişmesi olmayan tüp, erlen ve petriler de bu kurala dahildir. Sadece rutin gıda kontrolünde homojenizat ve seyreltiler sterilize edilmeden yıkanabilir. Ancak burada homojenizat ve seyreltilerin ne kadar süre beklediği önemlidir.

Gıdaların mikrobiyolojik analizinde izole edilen mikroorganizmanın identifikasyonu gerekebilir. Bu aşamada her laboratuvarın makul büyüklükte bir kültür kolleksiyonu bulunmalıdır.

Her laboratuvarda zaman içinde çeşitli analiz hataları yapılabilir. Hata yapılmaması önemli iken daha önemlisi hatanın belirlenmesi ve tekrarlanmamasıdır. Hata yapıldığında belirlenebilmesi için aykırı sonuçlara dikkat edilmesi, şahit örnek ile çalışılması, çeşitli laboratuvarlar arası çapraz kontrol yapılması gerekmektedir.